Trzecia tajemnica, ujawniona w roku 2000, dotyczy ostatniej wizji danej pastuszkom: „zobaczyliśmy po lewej stronie Naszej Pani nieco wyżej Anioła trzymającego w lewej ręce ognisty miecz; iskrząc się wyrzucał języki ognia, które zdawało się, że podpalą świat; ale gasły one w zetknięciu z blaskiem, jaki promieniował z prawej ręki Naszej Pani w jego kierunku; Anioł wskazując prawą ręką ziemię, powiedział mocnym głosem: Pokuta, Pokuta, Pokuta!”.
Więcej o tej tajemnicy, a także wszystkie tajemnice fatimskie można odnaleźć w serwisie fatima.pl.
Dalej wizjonerzy ujrzeli biskupa ubranego w biel, o którym mieli przeczucie, że to Ojciec Święty. „Wielu innych Biskupów, Kapłanów, zakonników i zakonnic wchodzących na stromą górę, na której szczycie znajdował się wielki Krzyż zbity z nieociosanych belek jak gdyby z drzewa korkowego pokrytego korą; Ojciec Święty, zanim tam dotarł, przeszedł przez wielkie miasto w połowie zrujnowane i na poły drżący, chwiejnym krokiem, udręczony bólem i cierpieniem, szedł modląc się za dusze martwych ludzi, których ciała napotykał na swojej drodze; doszedłszy do szczytu góry, klęcząc u stóp wielkiego Krzyża, został zabity przez grupę żołnierzy, którzy kilka razy ugodzili go pociskami z broni palnej i strzałami z łuku i w ten sam sposób zginęli jeden po drugim inni Biskupi, Kapłani, zakonnicy i zakonnice oraz wiele osób świeckich, mężczyzn i kobiet różnych klas i pozycji. Pod dwoma ramionami Krzyża były dwa Anioły, każdy trzymający w ręce konewkę z kryształu, do których zbierali krew Męczenników i nią skrapiali dusze zbliżające się do Boga”. To wizja wstrząsająca.